Ministerstwo Lotnictwa Egiptu zaznaczyło, że samolot najprawdopodobniej roztrzaskał się na części przy upadku. Jednak na razie oficjalnie nie potwierdzono faktu katastrofy.
Trudno na razie oceniać stan techniczny samolotu podczas lotu. Ministerstwo Lotnictwa Cywilnego Egiptu poinformowało, że służby naziemne otrzymały sygnał alarmowy o 04:26 czasu kairskiego (05:26 czasu moskiewskiego), choć wojsko temu zaprzeczyło. Jednak wiemy tylko jedno — ze strony załogi nie było skarg podczas lotu do Paryża.
Portal Haaretz donosi, że mieszkańcy greckich wysp i członkowie załogi jednego z okrętów, który był w pobliżu wyspy Karpathos, widzieli „ognisty wybuch na niebie”. Ateny nie potwierdziły tej informacji.
Telewizyjny kanał satelitarny SkyNews Arabia poinformował, że samolotem lecieli obywatele Egiptu, Arabii Saudyjskiej, Francji, Wielkiej Brytanii, Portugalii, Belgii, Kanady, Kuwejtu, Sudanu, Czadu, Algierii i Iraku.
Źródło z greckiego lotniska zaznaczyło, że samolot spadł do morza w pobliżu wyspy Karpathos. Poinformowano, że do tragedii doszło, gdy MS804 wszedł w egipską przestrzeń powietrzną.
Natychmiast po sygnale o zniknięciu samolotu EgyptAir stworzono nadzwyczajny sztab operacyjny w celu monitorowania sytuacji. Obejmuje on przedstawicieli wszystkich służb lotniczych. Przewoźnik zaznaczył, że na miejsce prawdopodobnej katastrofy samolotu przybyli już ratownicy.