Według współczesnych przedstawień, eukarioty – złożone komórki z wydzielonym jądrem i pełnym zestawem innych organelli – pojawiły się w wyniku "asymilacji" przez ich przodków różnych bakterii i archeonów. Charakterystycznym przykładem tego procesu są mitochondria, komórkowe "elektrownie", syntetyzujące główną walute energetyczną komórek, czyli molekuły ATF.
Ponieważ mitochondria odgrywają krytycznie ważną rolę w życiu komórek wszystkich eukariotów (w tym człowieka), wielu uczonych uważa, że to "przyswojenie" zakończyło się na pierwszych etapach ewolucji wielokomórkowców, jeszcze zanim rozdzielili się przodkowie pierwotniaków, zwierząt, grzybów i roślin.
Badanie i porównanie struktury dwóch setek białek, krytycznie ważnych dla pracy komórek i dlatego mało zmnieniających się w procesie ewolucji pokazało, że ta istota nie ma bliskich krewnych wśród współczesnych eukariotów. Co więcej, okazało się, że jej mitochondrialny genom był "nieprawidłowo" zbudowany dla tak prymitywnego organizmu, tak bliskiego wspólnemu przodkowi wszystkich jądrowców.
Na przykład, zawarta w nim jest "zbędna kopia" instrukcji budowy białka cytochromu c, jednocześnie istniejąca w jądrowym DNA samego organizmu jednokomórkowca, a także prawie pełen zestaw genów, związanych z pracą rybosomów, które zostały utracone przez mitochondria na pierwszych etapach ich połączenia z przodkami ludzi i innych zwierząt.