Ponadto zawierają awidynę i antytrypsynę, które wpływają na wchłanianie białka jaja przez organizm. Jajka należy gotować w wysokiej temperaturze przed spożyciem, aby zabić bakterie.
Jeśli białko jajka zmieszało się z żółtkiem, nabrało mętnego odcienia i ma nieprzyjemny zapach, nie należy go spożywać, ponieważ te znaki wskazują na namnażanie się bakterii wewnątrz jaja.
Żółtko jaja, które jest poczerniałe i przyschło do skorupy również wskazuje, że produkt nie jest jadalny.
Pęknięcie skorupy sprawia, że jaja są podatne na bakterie i wpływa na okres ich przydatności do spożycia, natomiast przechowywanie w wilgotnym lub mokrym środowisku uszkadza powłokę ochronną skorupy i prowadzi do rozwoju mikroorganizmów wewnątrz niej. Przejawia się to pleśnią i czarnymi plamami.
Podczas inkubacji rozwój embrionalny zarodka kurzego w jaju może zostać zatrzymany z powodu wilgoci, temperatury, a także zakażenia salmonellą i pasożytami. Takie jajo może stać się „nosicielem” E. coli, gronkowców i innych bakterii, a w rezultacie doprowadzić do zatrucia.