„Nowe opracowanie Centrum Biotechnologii Algorytmicznej na Uniwersytecie Państwowym w Petersburgu, nazwane coronaSPAdes, umożliwia zbieranie genomów wirusów RNA, głównie koronawirusów. Według wstępnych danych możliwe było już odtworzenie sekwencji genomów nieznanych wcześniej koronawirusów” - czytamy w raporcie.
Moduł coronaSPAdes to specjalny tryb kolektora SPAdes (Saint Petersburg Assembler), który umożliwia dekodowanie genomów żywych organizmów, w tym wirusów.
Jak zauważa petersburska uczelnia, moduł coronaSPAdes uwzględnia specyfikę danych sekwencjonowania RNA, a także wdraża unikalne rozwiązania algorytmiczne mające na celu poprawę odtworzenia sekwencji genomu koronawirusa.
Podejścia określone w coronaSPAdes mogą być wykorzystane w przyszłości do opracowania nowych kolektorów z wykorzystaniem informacji o strukturze innych rodzajów genomów.
Opracowanie pierwszej wersji tego modułu zajęło około dwóch tygodni, a teraz jej twórcy zajmują się ulepszaniem kolektora. Według nich moduł coronaSPAdes umożliwia odtwarzanie genomów koronawirusa „znacznie wydajniej i lepiej niż podejścia alternatywne”.
Na przykład zebrano pełnowymiarowe genomy z niektórych zbiorów danych, zgodnie ze wstępnymi danymi z nieznanych wcześniej koronawirusów
- informuje uniwersytet.
Wcześniej amerykańscy naukowcy zidentyfikowali sześć głównych grup SARS-CoV-2, krążących obecnie na świecie. Naukowcy opracowali algorytm do szybkiej izolacji sekwencji genomów i wykorzystali go do badania ponad 10 tysięcy próbek SARS-CoV-2 z różnych regionów świata.
Klikając przycisk "Post", jasno wyrażają Państwo zgodę na przetwarzanie danych na swoim koncie w Facebooku w celu komentowania wiadomości na naszej stronie internetowej za pomocą tego konta. Szczegółowy opis procesu przetwarzania danych można znaleźć w Polityce prywatności.
Zgodę można wycofać, usuwając wszystkie pozostawione komentarze.
Wszystkie komentarze
Pokaż nowe komentarze (0)
w odpowiedzi na (Pokaż komentarzUkryj komentarz)